Er zijn afspraken gemaakt tussen rijk en provincies over de toestemmingverlening in relatie tot de stikstofaanpak, met name intern en extern salderen. Het Rijk en de provincies nemen de «feitelijk gerealiseerde capaciteit» als uitgangspunt voor intern salderen. Dat betekent dat initiatiefnemers de vergunde stikstofruimte van bijvoorbeeld stallen of productiehallen die daadwerkelijk zijn gebouwd en die in gebruik zijn genomen, kunnen inzetten voor nieuwe ontwikkelingen. Als een ondernemer minder gerealiseerd heeft dan in de vergunning staat, dan wordt het verschil in ruimte tussen vergunning en gerealiseerde capaciteit ingenomen. Dit geldt enkel bij een wijziging van de bedrijfsvoering waar een nieuwe vergunning voor nodig is. Hiervan kan worden afgeweken als een bedrijf de capaciteit nog niet feitelijk heeft gerealiseerd, maar wel aantoonbare stappen daartoe heeft gezet of daarvoor onomkeerbare significante investeringsverplichtingen is aangegaan. Dat geldt ook voor bedrijven die innovatieve stikstofemissiereducerende technieken toegepast hebben en voor projecten die noodzakelijk zijn voor de realisatie van doelen in een Natura 2000-gebied of projecten van algemeen belang of voor de nationale veiligheid, zoals dijkaanleg. In deze situaties is de complete vergunde stikstofemissie beschikbaar voor intern salderen. Bij extern salderen is stikstofdaling het uitgangspunt. Daarom geldt het principe dat de saldonemer 70% van de van een saldogever overgenomen stikstofemissie mag benutten; de overige 30% komt ter beschikking van de natuur. Daarnaast hebben het Rijk en de provincies afgesproken hetzelfde uitgangspunt voor extern salderen te hanteren als bij intern salderen: de «feitelijk gerealiseerde capaciteit». Dit betekent dat ook de niet-gerealiseerde capaciteit in de vergunning ter beschikking komt van de natuur. In de nieuwe provinciale beleidsregels is de koppeling met dier- en/of fosfaatrechten losgelaten. Dit is een verantwoordelijkheid van het Rijk. Het kabinet besluit binnenkort over het innemen van dier- en/of fosfaatrechten in relatie tot extern salderen en streeft ernaar dit op 1 februari 2020 afgerond te hebben. Tot die tijd is extern salderen met veehouderijen nog niet mogelijk. Het Rijk en de provincies vinden het niet wenselijk dat er met schaarse stikstofruimte wordt gespeculeerd. Afspraak is dat er een instrumentarium ontwikkeld wordt om dit te voorkomen. (Kamerstukken II, 2019/20, 35334, nr. 40).
